成都分院是中科院派出机构，负责联系院属成都、重庆地区的研究所、中心和转制企业，包括光电所、成都生物所、成都山地所、重庆研究院、成都文献情报中心、成都有机公司、中科信息公司、成都唯实公司。成都分院系统各单位学科包括光学、光学工程、电子技术、信息处理技术、仪器仪表技术、机械制造自动化、生态学、植物学、动物学、微生物学、农艺学、土壤学、植物保护学、农业工程、药物化学、地理学、地质学、摄影测量与遥感、环境工程学、有机化学、高分子化学、化学反应工程、精细化学工程、有机高分子材料、人工智能、计算机应用、图书馆学、情报学等，在光束控制、自适应光学、微纳光学、生物资源可持续利用、遗传育种、两栖爬行动物研究、山地灾害防治、山地生态环境保护、山区可持续发展、智能制造、催化技术与绿色过程、手性技术与工程、功能高分子材料、高速机器视觉、智能分析技术、真空镀膜、科技情报咨询服务等学科领域特色鲜明。

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中国科学院长春分院（以下简称长春分院）是中国科学院的派出机构，负责联络和协调中国科学院在吉林省和黑龙江省的研究所工作。1978年5月，经中央批准恢复成立中国科学院长春分院。长春分院系统研究领域包括发光学、应用光学、光学工程、精密机械与仪器、无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、高分子物理与化学、湿地科学、区域农业、环境科学、遥感技术与应用、东北区域发展、精密观测与精密定轨、卫星动力学研究等。

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广州分院为中科院机关派出机构，联系中科院在广东的南海海洋研究所、华南植物园、广州能源研究所、广州地球化学研究所、广州生物医药与健康研究院、深圳先进技术研究院、广州化学有限公司、广州电子技术有限公司，在湖南的亚热带农业生态研究所，在海南的深海科学与工程研究所。此外，依托广州分院的非法人单元有3个：广州中科院工业技术研究院、中科院云计算产业技术创新与育成中心、佛山中科院产业技术研究院。在建或筹建的国家重大科技基础设施项目4个，如中国散裂中子源工程、江门中微子实验项目等。

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中国科学院沈阳分院是中国科学院的派出机构,负责协助院党组领导和指导中国科学院在辽宁省和山东省的研究所有关工作，是连接院机关和研究所的桥梁纽带，区域科技管理和服务的中心。

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上海分院是中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、浙江、福建地区的研究院所工作。上海分院各研究所学科领域广泛，在优势研究领域有着长期的积累：在物质科学与技术领域，包括同步辐射、核科学与核技术、高能量密度物理、有机化学与有机材料、无机非金属材料和金属材料、天体物理、天文地球动力学和技术方法等；在信息科学与技术领域，包括通信技术、微电子技术、光电子技术、激光技术、红外技术等；在生命科学与技术领域，包括生物化学与分子生物学、细胞生物学、神经生物学、植物生理学、分子遗传学、创新药物和生物技术、病毒学与免疫学、健康营研究等。

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